优化处理碧玺的主要方法是辐照或加热，目的是改善碧玺的颜色。
辐照。通过辐照可使无色的碧玺颜色变深，改色后的颜色或稳定或不稳定（或在受热、光照下褪色）。改色后的颜色不一定全好，如中等绿色的样品可转呈绿红双色石，也能转呈灰色（对绿和红的吸收恰好平衡了）。要注意的是，在电子轰击中，因高能电子的热效应强也会使碧玺产生裂纹。
加热。加热可使碧玺颜色变浅，如使红的变淡红或无色，褐红或带褐色的变粉、紫或某些褐色的变蓝或变暗绿，橙色的变黄。热处理后的颜色稳定。
充填。充填是用无色的蜡来填平小裂隙或改善抛光质量；蜡或塑料也可填入管状体中以驱出其中污物（或与酸处理、浸渗联合进行）。在包裹体鉴别中需判别之。碧玺的仿制品主要是玻璃和塑料，从偏光性、密度和折射率等方面易于区别。
