绿碧玺在历史上有很长一段时间是被当作祖母绿的典型样本而疯狂开发利用的，直到后来电气石的特性被逐渐发现，绿碧玺与祖母绿才能够有很典型的区分办法。
绿碧玺从颜色上来看主要有三类：一种是颜色深绿的碧玺，一种是偏蓝色的蓝绿色碧玺，另一种是偏黄色的黄绿色碧玺。这三类绿碧玺里与祖母绿颜色接近的是深绿色的碧玺。祖母绿的颜色一般呈深翠绿色，或呈带蓝的绿色。由此看来，绿碧玺与祖母绿之间的确具有很大的相似性。但是因为两种宝石各有独特的化学物理性质，所以祖母绿和绿碧玺之间可以从以下几个方面来鉴别区分：
从光色质感上来比较
绿碧玺的内部光色要比祖母绿暗，切割好的宝石之间相比差别更为明显，切面的碧玺宝石显得深沉些，而祖母绿宝石在翠绿的颜色中闪烁着明亮的光色，相比更有活力！
从包裹体来看
祖母绿宝石的内部包裹体要比绿碧玺宝石的包裹体多且复杂。一般市场上的祖母绿宝石都有明显的内部包裹体，而绿碧玺因为产量比较大，所以在选料的上都比较纯净。
从宝石切割上看
祖母绿宝石因为质地极其脆硬，所以一般都采用典型的祖母绿式切割，而绿碧玺宝石的切割方法比较多，宝石形状更为丰富。
由此，我们可以总结出绿碧玺和祖母绿在肉眼上有这几点较为明显的差别：祖母绿较绿碧玺颜色更为翠，光感更为活；祖母绿的包裹体比绿色碧玺要多；祖母绿宝石一般都是祖母绿式(方形)切割，而绿碧玺的切割形状多种多样。通过这些肉眼特征的比较相信绿色碧玺和祖母绿宝石我们也可以通过肉眼来鉴别了。
