因长期佩戴就涉及到了天然水晶净化。净化这个词在拉丁语和消磁近似，所以也叫做消磁。《占事略决》中记载：需要1到3各月净化一次。即便是天然水晶的也需定时净化。
以下介绍3种方法供参考：
1.晶簇、晶洞消磁法
这个道理是让一颗水晶矿石回到比较大的类似母体上，藉以得到休息、滋补、充电、与消磁。母体的体积越大，效果越好，从三、五公斤起，到十几、二十公斤是最理想，五十公斤以上到上佰公斤的是效果最佳。白水晶簇、紫水晶洞都可用，玛瑙晶洞（聚宝盆）也可，大水晶球旁、大水晶柱上也都可以。
2.月光星光消磁法
这是比较柔性的处理方式，星光、月光都非常柔和，只要是无云的晚上皆可，月光亮时星光淡，月光淡时星光亮，也适合比较柔性水晶。日光有正能量,可以让天然水晶吸收,月光没有正能量,但是可以吸收负能量。白天的时候正能量运作,负能量并不运作。白天佩戴天然水晶以后会把负能量吸收到天然水晶当中，晚上用月光或星光吸附水晶的负能量。
3.清水消磁法
这是较为简单的消磁方法，推荐使用纯净水，只需将天然水晶放入纯净水浸泡15分钟左右即可。清水消磁方法较为简单，但因为大多数的天然水晶属于黄铁矿蓝铁矿种,和清水长时间的接触易氧化，所以不推荐大家经常使用。
