刚买来或者是戴久了的水晶都比较容易吸引负性能量，所以水晶净化是非常必要的。水晶的净化俗称为消磁。目的是恢复水晶原来的磁场。一般来说消磁的时间约一个月一次就够了，不过若是运气不好或者是用水晶来治病的话就需要每个星期净化一次了。水晶消磁的方法有很多。简单列举以下几种：
1、日光净化法：利用阳光直接照射，最好在早上到中午前左右的阳光是最适当的。约2小时就可以了。不过若是不小心超过时间也没有关系，但是一定要在日落前收回。（一些纯色水晶不适宜用该法消磁，因为在阳光照射下矿物质中的颜色会发生物理反映分解）
2、月光净化法：听说最好用满月时的月光最好。可以同时运用日月消磁法中的阴阳离子同时消磁，可以增强水晶的能量。
3、海盐消磁法：要注意一定是海盐，也就是粗盐，用干净无污染的水放入海盐，然后将需要消磁的水晶放入水中浸泡。隔天再用干净的水洗干净。不过对于有金属或绳子的水晶来说。最好少用。因为海盐有侵蚀金属或绳子的效果。
4、利用晶簇消磁：放在晶簇晶洞中。利用晶簇晶洞释放的正磁场清除水晶的负能量。让他重新充电，放置时间约一晚即可。
5、亲近自然法：出游时，将水晶放在小溪中让它亲近大自然，补充能量。
6、埋入土中：可以利用干净不会有污水流过的泥土，埋入约3-10天，因为土壤是具有生育的强力能力并可以夺取毒素并吹入巨大的能量。所以该法非常有效，可以用布料给予包裹再埋入土中。
7、把水晶用保鲜膜包好，放在冰箱的冷藏室内。但是要注意的是，一定要和肉类的东西分开放，所建议大家用保鲜膜包好以后，放在一个一次性塑料水杯中，再放到冷藏室内，3－4小时后取出，但是不要拿掉保鲜膜，要让它在常温下自然冷却，以防水晶在冷热温差下破碎。当然这种方法存在争议性，我在此不过是列举一下而已。
8、音乐消磁法：将水晶放在充满平和及正面的音乐空间裡，因為音乐跟顏色一样，都会带来不同的磁场及频率，建议如佛教音乐，西方教义的福音歌颂，大自然的水晶音乐等等，都可以让水晶得到充电及净化的效果。
