一 、由于出自天然裸露环境下的完整菊花石已经绝迹，一些人便利用人们崇尚自然的心理，用化学或物理方法将真正的菊花石加以改变，或改变花色或改变花形，不一而足。当然菊花石也和菊花一样有多种颜色，但一般来说，用化学方法改变过的易碎易损。
二、 使用一些化学或物理的方法将材质疏松的石材加固，但一般只加固了表面，这样就用低劣的材料冒充了上等材料。
三、 利用人们仰慕菊花石而又不懂菊花石的心理，用其它的石花哄骗顾客。一般来说，其它的石花形状不像菊花，花瓣倒是更像树叶，人工痕迹较强，从背面也看不出花瓣的延伸部分。甚至有的石花全部都是人工雕琢而成的。
四 、有的石材或者菊花本身有缺陷，就用漆或其它的颜料加以涂抹，掩盖其缺陷。一般使用的是黑色颜料或黑色漆、灰色颜料或灰色漆，然后再加清漆。顾客可以根据其色泽是否自然天真加以判别。
五 将真正的菊花石嫁接在其它石材上或者嫁接在同质石材上。这种情况，仔细观察一下就可辨别。虽然形成菊花石的基材可能有多种，但两种或多种基材相邻线肯定不会整齐划一，也不会中间另有胶质。
六、 菊花石的花心是菊花石的灵魂。菊花石上的菊花如没有花心或者花心是另外加上去的，其艺术性和价值都会大打折扣，因而，无心或另加上去心的菊花石就只能算二等品了。无心，一眼即可看出，虽然有的无心菊花仍然非常漂亮，但还是算有缺陷。另外加上去的心，其材质一般是会和花瓣大不一样的，颜色也会有显著的差异，其形状也不太自然，仔细看也可辨别出来。
总结
总之，真正的菊花石中心一般应有一个和花瓣基本同色的晶石，花瓣从中心晶石向四面八方呈放射状分布，所以，如石材不厚，从背面也应该可以看出花瓣的延伸部分，从理论上说，如石材为圆体，则从任意方面打磨，都应该可以显现出一朵完整的菊花。上等的菊花石基材必须紧密、坚硬，菊花必须完整无缺、清晰动人，整个菊花石应该色泽自然，以尽量少的人工介入为好。
